Ang mga ultracapacitor at baterya ay parehong mga bahagi ng pag-iimbak ng enerhiya. Ngunit ang proseso ng pag-iimbak ng enerhiya ng supercapacitor ay isang pisikal na proseso, ang pag-iimbak ng enerhiya ng baterya ay isang proseso ng reaksiyong kemikal, at ang dalawa ay may mahalagang pagkakaiba.

Ang mga katangian ng kuryente ng supercapacitor ay mas mahusay kaysa sa baterya, na maaaring mabilis na ma-charge at ma-discharge gamit ang malaking kuryente. Ang densidad ng enerhiya ng baterya ay mas mataas kaysa sa supercapacitor, at ang enerhiyang nakaimbak ng baterya sa ilalim ng parehong volume ay mas malaki. Ang Supercapacitor ay isang aktibong materyal na nakabatay sa carbon kasama ang conductive carbon black at binder mixed electrode sheet material, na gumagamit ng polarized electrolyte upang mag-adsorb ng mga positibo at negatibong ion sa electrolyte, na bumubuo ng isang double electric layer structure para sa pag-iimbak ng enerhiya, ang proseso ng pag-iimbak ng enerhiya ay karaniwang hindi nagaganap ang kemikal na reaksyon, kaya ang cycle life ay napakahaba, ang pangkalahatang oras ng pag-charge at pagdiskarga ay umaabot ng higit sa 500,000 beses, ang oras ng pag-charge at pagdiskarga ng baterya ay mas maikli, ang mga lead-acid na baterya ay 500 beses, ang mga lithium na baterya ay 1000-1500 beses, ang iba't ibang uri ng oras ng pag-charge at pagdiskarga ay hindi pareho; Ang mga Ultracapacitor ay gumagana sa mga temperaturang mas mataas kaysa sa mga baterya --40 hanggang 65 degrees.

Magkaiba rin ang gamit ng dalawa, mababa ang densidad ng enerhiya ng super capacitor, ngunit ang mahusay nitong pagganap sa pag-ikot, pangangalaga sa kapaligiran, at mataas na lakas ay ginagawa itong malawakang ginagamit sa backup power supply, high frequency charge at discharge, mataas na output ng kuryente at iba pang mga okasyon. Mataas din ang densidad ng enerhiya ng baterya, ngunit nililimitahan nito ang buhay nito, at ang sobrang pagkarga at sobrang pagdiskarga ay magdudulot ng hindi na mababawi na pinsala dito, at hindi environment-friendly. Gayunpaman, dahil sa kawalan ng paghahanap ng mga bahagi ng imbakan ng enerhiya na maaaring pumalit sa ganitong mataas na densidad ng enerhiya, ang hinaharap ay nananatiling mundo ng mga baterya (lithium-ion batteries) sa mahabang panahon, at maaaring palitan pa ang gasolina at iba pang mga panggatong upang maging pangunahing kinetic energy ng sasakyan.

Ang ugnayan sa pagitan ng dalawa ay ang mga bentahe ng mataas na power output ng supercapacitor at ang kakayahang tumanggap ng mataas na current charge at discharge ay maaaring pagsamahin sa mataas na energy density ng baterya bilang isang pagpapabuti sa buhay ng baterya at pagtitipid ng enerhiya ng mga electric vehicle.